María Teresa Isabel kết hôn với người em họ bên nội là Vương tằng tôn Ferdinand của Bayern, con trai cả của Vương tôn Ludwig Ferdinand của Bayern và María de la Paz của Tây Ban Nha vào ngày 12 tháng 1 năm 1906 tại Madrid. María Teresa Isabel và Ferdinand có với nhau bốn người con:

• Vương tôn Luis Alfonso của Bayern và Tây Ban Nha (6 tháng 12 năm 1906 - 14 tháng 5 năm 1983).
• Vương tôn José Eugenio của Bayern và Tây Ban Nha (26 tháng 3 năm 1909 - 16 tháng 8 năm 1966).
• Vương tôn nữ María de las Mercedes của Bayern và Tây Ban Nha (3 tháng 10 năm 1911 - 11 tháng 9 năm 1953).
• Vương tôn nữ Maria del Pilar của Bayern và Tây Ban Nha (15 tháng 9 năm 1912 - 9 tháng 5 năm 1918).